1757.
Les recherches de Mayer souffrent de la guerre de Sept Ans: les troupes françaises occupent Göttingen pendant des années, utilisant sa maison et une partie de l’observatoire comme entrepôt. Le fonctionnement de l’université est considérablement bridé. Mayer attend le résultat de l’examen de sa contribution au prix de la longitude et corrige continuellement ses tables de la Lune et du Soleil.
1758.
Mayer développe le cercle répétiteur, un nouvel instrument de navigation pour la mesure des angles qui permet de déterminer sa propre position en haute mer. La longitude peut ainsi être déterminée avec une précision de 0,5°, exactement comme l’exige le Longitude Act 1814.
1759.
Mayer dresse un catalogue de 998 étoiles fixes dont les données resteront valables pendant des décennies.
Il donne des cours particuliers à son élève Carsten Niebuhr, en lui expliquant le fonctionnement du cercle répétiteur et la méthode de détermination de la longitude. Niebuhr veut les tester lors de son prochain voyage en Arabie.
1760.
Mayer reprend les travaux sur le globe de la Lune de Nuremberg mais ne peut pas l’achever, ce qui vaut aussi pour son autobiographie, probablement commencée à cette époque, qui ne comprend que des chapitres sur l’enfance et la jeunesse.